A Juventude Batista Brasileira é administrada por um conselho e um diretor(a) executivo(a).
O Conselho Administrativo possui 9 membros eleitos pelo seu principal congresso, o Despertar. Também fazem parte do conselho representantes das organizações batistas estaduais.
Esse conselho se reune duas vezes por ano para contribuir com a elaboração de planejamento da organização, fiscalizar a execução e eleger diretor executivo. Uma diretoria é eleita para coordenar este conselho.
O Diretor Executivo cumpre as determinações do conselho, Administra os serviços internos da organização, Gerencia as finanças, Coordena projetos, eventos e treinamentos, Prepara relatórios etc. Para isso o Diretor Executivo conta com Coordenadorias (Adolescentes, Liderança, Artes e Adoração, Políticas Públicas, Missão Integral, Comunicação) para o auxiliarem em todo o planejamento e execução das atividades.
